Las técnicas de secuenciación masiva permiten estudiar los microorganismos de los suelos en base a su ADN, lo que permite conocer como las comunidades microbianas responden a diferentes perturbaciones naturales y antrópicas y sistemas de manejo agrícolas.

En el Laboratorio de Microbiología de Suelos de la UAL-CIAIMBITAL se aplican análisis metagenómicos de secuenciación de amplicones, mediante las plataformas Illumina y PacBio, y análisis microbiológicos mediante qPCR en base a barcoding. Estas técnicas han supuesto una revolución en el campo de la microbiología de suelos, ya que permiten analizar a nivel molecular la presencia de los microorganismos presentes en muestras de suelos sin necesidad de cultivarlos. Estos análisis son de gran aplicación en los campos de la Agronomía y el Medio Ambiente. Permiten conocer la diversidad y el estado de salud de los suelos y evaluar el efecto de enmiendas, abonos, sistemas de manejo, etc. en dichos parámetros. Actualmente, en el laboratorio de microbiología de suelos se están desarrollando proyectos de investigación relacionados con la restauración de suelos de cantera, efectos del cambio climático en los microorganismos y de fuegos de baja intensidad como técnica preventiva para evitar fuegos forestales de alta intensidad.